De Projectorganisatie WCT werkt op dit moment aan een nieuw Milieueffectrapport (MER). Hierin worden de mogelijke milieueffecten van de WCT op de omgeving onderzocht en beschreven. Denk aan: duinbehoud, effecten op andere natuurwaarden, natuurcompensatie, verkeer en vervoer, geluid en fijn stof. Ondertussen is ook een nieuwe m.e.r.-procedure gestart. De ‘startnotitie’, die het begin vormt van de nieuwe procedure, is inmiddels gepubliceerd op 23 augustus 2008.

De verwachte uitkomst van het Milieueffectrapport, gebaseerd op de onderzoeken die tot op heden zijn uitgevoerd, is dat met het huidige ontwerp van de terminal, een verantwoorde inpassing van de WCT in het Sloegebied mogelijk is. De effecten van de terminal op onder meer de natuur en het achterland met de te nemen maatregelen, passen binnen het wettelijke kader. In het nieuwe rapport worden ook de allerlaatste ontwikkelingen in het havengebied, meegenomen.